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动植物基因组de novo测序

来源: 本站原创    作者:佚名   发布时间:2015/3/31 10:41:39

 基因组de novo测序也叫做基因组从头测序,是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序,然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接,最终获得该物种基因组序列图谱。从基因组水平上对物种的生长、发育、进化、起源等重大问题进行研究,将加深我们对物种的认识,在新基因的发现、物种改良等方面发挥巨大作用。

迪巧的优势

★ 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。
★ 拥有Roche 454 FLX +和Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多种高通量测序平台。
★ 技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
★ 拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

技术路线


 动物基因组de novo测序技术路线图

HiSeq 2500高通量测序平台每个run能产生海量的数据,可为动植物基因组组装提供高覆盖度的数据,该平台凭借高性价比的特点,逐渐成为了动植物基因组de novo测序的主流平台,受到了研究者的广泛青睐。

生物信息分析:

1. 基因组拼装统计

提供基因组拼装的基本信息,包括原始数据统计、测序覆盖度统计、Contig N50大小、Scaffold N50大小、基因组大小、GC含量及杂合度等信息。

2. 基因组注释

包括基因预测、基因功能注释(同NR、Swiss-Prot、InterPro等数据库进行同源比对)、重复序列分析及non-coding RNA注释等。

3. 基因功能分类

GO分类、KEGG通路分析等。

4. 比较基因组学及进化分析

通过比较近缘物种的基因组数据,从基因功能、基因组骨架结构、分子进化等方面对目标基因组进行分析。

5. 建立数据库

建立符合国际标准且具有良好兼容性的基因组数据库,实现基因组数据的查询与共享。

承诺指标:

基因组框架图

基因组精细图

基因区覆盖率>95%

基因区覆盖率>98%

Contig  N50 >5Kb

Contig  N50  >20Kb

Scaffold  N50 >20Kb

Scaffold  N50 >300Kb

单碱基错误率<0.01%

单碱基错误率 <0.01%

 

送样要求:

1. 样品类型: DNA

2. 样品需求量(illumina平台,单次):

300-500bp小片段PE文库> 5µg,
3K大片段MP文库> 20µg,
5K大片段MP文库> 30µg,
8K大片段MP文库> 40µg;

3. 样品浓度:

小片段文库 >50ng/µL;
大片段文库> 100 ng/µL。

4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。

5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

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