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动植物基因组重测序

来源: 本站原创    作者:佚名   发布时间:2015/3/31 10:45:17

  在已知物种基因组的情况下,对物种内的不同个体或某个个体的不同组织进行基因组重测序,可以在全基因组水平上发现不同个体或组织细胞之间的差异。通过这种方法,可以寻找出大量的单核苷酸多态性位点(SNP),插入缺失位点(InDel,Insertion Deletion),结构变异位点(SV,Structure Variation),拷贝数变异(Copy Number Variation,CNV)等变异信息,从而获得生物群体的遗传特征。这对在群体水平上研究物种的进化历史、环境适应性、自然选择等方面具有重大意义。利用全基因组重测序有助于快速发现与动植物重要性状相关的遗传变异,缩短分子育种的实验周期;有助于发现人类疾病相关的重要变异基因,加快生物医药研发的速度等。

迪巧的优势

★ 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。
★ 拥有Roche 454 FLX +和Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多种高通量测序平台。
★ 技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
★ 拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

技术路线

    提取基因组DNA后采用物理方法随机打断,选择性回收目的片段并在两端连接接头以构建测序文库,进行桥式PCR(Bridge Amplification)制备Cluster,最后使用Illumina测序平台进行双末端测序(Paired-End,PE)。

PE测序技术的作用:

① 提供足够的测序序列信息;

② 挖掘基因组大片段结构变异信息;

③ 减少重复序列对基因组组装的影响。

 

 

      动植物基因组重测序技术路线图

生物信息分析流程


 
研究内容

    1. 原始数据处理

    2. 序列mapping至参考基因组

    3. SNP、InDel、SV及CNV等结构变异的检测

    4. 结构变异数据的深度过滤

    5. 结构变异数据的功能注释

送样要求

1. 样品类型: DNA;
2. 样品需求量(单次): 300-500bp小片段PE文库 > 5µg; 
3. 样品浓度:> 50ng/µL;
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染;
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

 

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