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Small RNA测序

来源: 本站原创    作者:佚名   发布时间:2015/3/31 11:05:14

 Small RNA是一类重要的体内调节分子,长度在18-30nt之间,主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默,参与基因转录后调控,从而调节细胞生长、分化,以及个体发育、生殖等重要生物学过程。高通量测序技术可以对样本中所有small RNA家族进行测序和表达定量,从而解析miRNA、siRNA、piRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。

一、技术路线

Illumina MiSeq、Illumina HiSeq 2500和Nextseq 500

二、生物信息分析

标准信息分析
1、数据产出统计,对原始测序数据去接头污染,去低质量reads;
2、18~30 nt 小RNA 测序结果的长度分布;
3、样品间的公共序列和特异序列的分析;
4、小RNA在选定的参考基因组上的分布;
5、小RNA与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比对信息;
6、小RNA与重复序列的比对信息;
7、小RNA与外显子或内含子的比对信息;
8、小RNA与miRBase 中指定范围的已知的 miRNA的比对;
9、按照优先级将小RNA进行分类注释;
10、利用 Mireap 或mirdeep对没有注释的small RNA进行预测,预测新的miRNA,绘制新的miRNA 的二级结构图;

高级信息分析(基于标准分析)

1、已知miRNA和novel miRNA的靶基因预测;
2、已知miRNA和Novel miRNA靶基因GO注释和KEGG;
3、已知miRNA的碱基编辑分析;
4、已知 miRNA 差异分析和聚类分析;
5、Novel miRNA 差异分析(2个或2个以上样品)和聚类分析;
6、差异miRNA 靶基因预测;
7、差异miRNA 靶基因GO 注释和KEGG 通路分析。  

三、结果展示

 

 

四、样品要求

1. 总RNA:浓度≥200 ng/μl,总量≥3 μg;OD260/280介于1.8-2.2之间,OD260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5;并确保RNA无降解,无污染。提取总RNA时,请避免使用过柱法和LiCl沉淀法,以避免Small RNA的丢失。

2. 组织样品:动物、植物、微生物总量大于500 mg的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用RNAlater和液氮速冻,保存于-80℃(保存期不超过一个月),送样时使用干冰运输(不超过72 h);提取RNA后经变性电泳,保证各RNA条带清晰、比例适中、完整性好、无降解。特别要求样品分成3份,方便后续提取,避免同一份样品反复冻融造成样品降解。


3. 细胞样品:先使用TRIzol试剂进行处理,每0.25 mL样品(5-10×106个细胞)加入0.75 mL TRIzol试剂(可参考TRIzol试剂说明书),于-80℃保存,并提供2-3份该样品。原则上不接收未经TRIzol处理的细胞样品。


4. Small RNA:要求从1-10 μg的总RNA中纯化,一般不推荐客户提供。


5. 样品保存期间切忌反复冻融。


6. 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。 

五、迪巧的优势

1.拥有标准化操作实验室和Illumina Nextseq 500、Illumina MiSeq和Illumina HiSeq 2500高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。

 

2.技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。


3.拥有专业的生物信息团队和完整的生物信息分析服务体系,除提供标准化生物信息服务外,还可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。


4.拥有标准的、实时更新的项目进展流程,有助于合作伙伴及时了解项目进展最新情况。


5.免费提供文章写作指导服务和文章润色服务。

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