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基因表达谱测序

来源: 本站原创    作者:佚名   发布时间:2015/3/31 11:08:56

 基因表达谱测序是直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序,可以用来研究基因的表达差异情况。该技术结合了转录组测序建库的实验方法,与转录组测序相比,基因表达谱测序要求的读长更短,测序通量更小,但仅可用于基因表达差异的研究。该方法具有定量准、可重复性高、检测阈值宽、成本低等特点,能很好地替代以往的数字化表达谱分析。

一、技术路线 

Illumina HiSeq 2500、Illumina Nextseq 500和Ion Proton

 

 

二、生物信息分析

标准分析内容

1.  原始数据整理、过滤及质量评估


2.  与参考基因组比对
  2.1Reads与参考基因组比对情况统计
  2.2Reads在参考基因组不同区域的分布情况
  2.3Reads在染色体上的密度分布情况
  2.4Reads比对结果可视化


3.  蛋白编码基因的表达量分析 
  3.1基因覆盖度统计
  3.2样品间相关性分析


4.  蛋白编码基因的表达量差异分析(样本数≥2)
5.  差异表达基因的富集分析(GO、KEGG)(样本数≥2)
6.  差异表达基因的聚类分析(热图)(样本数≥3)

 

高级分析内容

1.  蛋白网络构建及分析 

三、结果展示

   

四、样品要求

1. 总RNA:针对Illumina测序平台,浓度≥80 ng/ul,总量≥12 μg;针对Roche 454 FLX+平台,浓度≥200 ng/μl,总量≥50 μg;OD260/280介于1.8-2.2之间,OD260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5;并确保RNA无降解,无污染;或提供浓度≥50 ng/μl,总量≥1 μg的mRNA。同时,提供质量检测相关数据和图片,包括分光光度计、电泳胶图或Nanodrop仪器检测数据。一般不建议提供mRNA,较难定量。

2. 组织样品:动物、植物、微生物总量大于500 mg的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用RNAlater和液氮速冻,保存于-80℃(保存期不超过一个月),送样时使用干冰运输(不超过72 h);提取RNA后经变性电泳,保证各RNA条带清晰、比例适中、完整性好、无降解。特别要求样品分成3份,方便后续提取,避免同一份样品反复冻融造成样品降解。


3. 细胞样品:先使用TRIzol试剂进行处理,每0.25 mL样品(5-10×106 个细胞)加入0.75 mL TRIzol试剂(可参考TRIzol试剂说明书),于-80℃保存,并提供2-3份该样品。原则上不接收未经TRIzol处理的细胞样品。


4. 样品保存期间切忌反复冻融。


5. 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。 

五、迪巧的优势

1. 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台Illumina Nextseq 500、Illumina MiSeq、Illumina HiSeq 2500和Ion Proton,实验周期短,质量可靠。

2. 技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。


3. 拥有专业的生物信息团队和完整的生物信息分析服务体系,除提供标准化生物信息服务外,还可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。


4.  拥有标准的、实时更新的项目进展流程,有助于合作伙伴及时了解项目进展最新情况。


5.  免费提供文章写作指导服务和文章润色服务。

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