热线电话:028-87730855

服务项目

您当前的位置:网站首页 >> 服务项目 >> 高通量测序NGS >> 详细内容

LncRNAs测序

来源: 本站原创    作者:佚名   发布时间:2015/3/31 11:13:45

 长链非编码RNAs(Long non-coding RNAs,LncRNAs)是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs(不含rRNA),广泛存在于各种生物体内。LncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多水平的调控过程,在生命活动中具有重要作用。派森诺生物推出的LncRNA测序服务,使用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析,一次性获得样本中几乎全部的LncRNAs信息,为您全面、深入地研究LncRNAs的功能提供了全新的工具。

一、技术路线

 Illumina MiSeq、Illumina HiSeq 2500和Nextseq 500

二、生物信息分析

标准信息分析
   1. 基本数据统计
   1.1 去除接头序列、低质量序列得到clean data
   1.2 与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA数据

  2. LncRNA鉴定
   2.1 转录本组装
   2.2 鉴定已知转录本(包括已知LncRNA)和新转录本
   2.3 预测新的LncRNA


  3. LncRNA定量及差异表达分析
   3.1 LncRNA定量及差异分析(需至少2个样品)
   3.2 组间差异分析(需至少2组,每组至少3个样品)
   3.3 LncRNA差异表达模式聚类


  4. LncRNA功能预测
   4.1 基于互补序列的LncRNA-mRNA互作分析
   4.2 基因上下游的LncRNA分析
   4.3 miRNA前体预测


  5. LncRNA家族预测分类

 

高级信息分析

 

1. CNC(coding-non-coding)共表达注释(需5对以上case+control)
2. Pathway富集分析

三、样品要求

1. 总RNA:浓度≥200 ng/μl,总量≥10 μg;OD260/280介于1.8-2.2之间,OD260/230值应≥2.0。电泳检测28S:18S至少大于1.5;并确保RNA无降解,无污染。

2. 组织样品:动物、植物、微生物总量大于500 mg的新鲜样品(植物材料应尽量选取幼嫩部位)。采样后将样品立即用RNAlater和液氮速冻,保存于-80℃(保存期不超过一个月),送样时使用干冰运输(不超过72 h);提取RNA后经变性电泳,保证各RNA条带清晰、比例适中、完整性好、无降解。特别要求样品分成3份,方便后续提取,避免同一份样品反复冻融造成样品降解。

3. 细胞样品:先使用TRIzol试剂进行处理,每0.25 mL样品(5-10×106个细胞)加入0.75 mL TRIzol试剂(可参考TRIzol试剂说明书),于-80℃保存,并提供2-3份该样品。原则上不接收未经TRIzol处理的细胞样品。

4. 样品保存期间切忌反复冻融。

5. 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。

四、迪巧的优势

1.  拥有标准化操作实验室和Illumina Nextseq 500、Illumina MiSeq和Illumina HiSeq 2500高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠,可一次性获得样本中几乎全部的LncRNA信息。


2. 技术人员经验丰富,技术稳定,建库重复性好。


3. 拥有专业的生物信息团队和完整的生物信息分析服务体系,除人和鼠外,还可应用于其他真核物种,不局限于对已知LncRNA的研究,还可进行novel LncRNA的预测。


4.  拥有标准的、实时更新的项目进展流程,有助于合作伙伴及时了解项目进展最新情况。


5. 免费提供文章写作指导服务和文章润色服务。

单细胞RNA-Seq通过对单个细胞的mRNA进行逆转录和PCR扩增,使用高通量测序手段,对单细胞中mRNA进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统RNA定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具,极大地拓展了RNA-Seq的应用范围。

一、技术路线

二、生物信息分析

标准信息分析

     1. 原始数据去除接头序列及低质量reads;
    2. 测序评估(数据比对统计,reads分布随机性统计等)
    3. 差异表达基因分析
    4. 差异基因GO富集分析
    5. 差异基因KEGG富集分析

 

高级分析

     1. 主成分分析(5个以上样品)
    2. 可变剪切分析
    3. SNP分析

三、样品要求

1. 对于细胞样品,同一部位/组织或同一类型细胞需确保平行有3-5个细胞;


2. 除单细胞、微量细胞外,同时适用于起始模板为单染色体或已纯化的低于100 ng总RNA;


2. 越新鲜的细胞其扩增效率及覆盖率越高,将样品保存于0.2ml EP管中,用干冰运输。冻存寄送时间尽量不要超过3天;


4. 若为人细胞,要求送相应的血液、组织或细胞群等确认是否存在污染;


5. 送样细胞应经过以下步骤处理,确保无金属离子影响实验: 
   a. 加500ul PBS到100ul细胞悬液中,4000g离心5min;
   b. 去上清,加500ul PBS溶液重悬细胞;
   c. 1400g离心5min;
   d. 重复步骤b, c;
   e. 去上清,加100ul PBS重悬细胞。

四、应用领域

• 极微量样品的表达分析(单个细胞)


• 胚胎早期发育研究


• 肿瘤细胞异质性研究


• 免疫细胞群研究


• 干细胞分化研究

五、迪巧的优势

1. 极低起始量:单个细胞(10 pg total RNA)


2. 高灵敏度:检测到90%以上的基因表达


3. 技术重复性好:基因表达一致性超过90%

  • 上一个项目: 基因表达谱测序
  • 下一个项目: 简化基因组测序
  • 龙八国际网页登录_龙8国际官网唯一入口-首页