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简化基因组测序

来源: 本站原创    作者:佚名   发布时间:2015/3/31 11:18:34

  简化基因组方法是一种利用酶切技术、序列捕获芯片技术或其他实验手段降低物种基因组复杂程度,进而研究基因组各类遗传结构性变异的技术手段。目前常见的简化基因组技术包括RAD(Restriction site Associated DNA)和GBS(Genotyping By Sequencing)。这些技术都可以在极短的时间内开发出成千上万的SNP 标记,而分子标记是开展遗传作图、关联分析、群体遗传分析以及生态多样性分析等的基础,所以利用简化基因组技术开展科研工作是当前第二代测序技术的一种热门应用。

应用范围

★ 分子标记的开发

★ 超高密度遗传图谱的构建

★ 群体遗传分析

技术优势

★ 测序量低,价格便宜    

★ 适用于各类育种群体

★ 参考基因组不依赖性

技术路线

 

简化基因组RAD与GBS比较

 

RAD

GBS

DNA起始量

1ug

300ng

Pooling数目

4/8/16/24

96或96的倍数

片段大小选择方法

随机打断选择片段大小

PCR扩增选择片段大小

测序量

根据基因组大小而定

200 Mb/样本*Gb

SNP

较多

略少

成本

更低

适用样本:

★ GBS比较适合重复序列高的物种,酶切片段大小范围在300~1000bp,酶切后不打断直接建库。

★ RAD方法常用于动物基因组,酶切后的片段长度几百bp至十几kb,打断后跑胶回收特定长度的片段用于建库。

 

 研究内容

1. 分子标记开发

   个体SNPs的鉴定,个体InDel标记的鉴定,群体SNPs标记的整合。

2. 超高密度遗传图谱构建

    连锁群的区分,海量标记的排序,偏分离位点的筛选。

3. 群体遗传分析

   对SNPs数据进行群体遗传学水平分析,包括Tree,群体结构分析,PCA分析等。

4. 基因组草图绘制

   基因组草图的组装,基因注释等。

送样要求

1. 样品类型:DNA
2. 样品需求量(单次):300-500bp小片段文库 ≥5µg。
3. 样品浓度:≥50ng/µL
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

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