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微生物基因组测序

来源: 本站原创    作者:佚名   发布时间:2015/3/31 11:24:46

 随着细菌基因组研究的迅速发展,全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间,让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。

    根据不同的研究目的和测序要求,细菌基因组测序可分为三种类型:细菌基因组Scanning、细菌基因组精细图和细菌基因组完成图。美吉生物灵活应用Roche 454 长片段测序、Illumina 短片段高覆盖测序,结合454双末端测序(Paired-End)及Illumina末端配对测序(Mate-Pair Sequencing)技术,针对不同的基因组测序类型,提供专业、合理、高性比的测序服务。

迪巧的优势

★拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。
★拥有ABI3730xl常规测序平台、Roche 454 FLX + 高通量测序平台和HiSeq 2500高通量测序平台,三种平台联合应用,优势互补,在细菌基因组测序中取得1+1+1>3的效果。
★技术人员经验丰富,每年完成数百个BAC全长测序、几十个微生物基因组测序的Gap Closing工作。
★拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

细菌组框架图测序:  细菌基因组Scanning采用Illumina PE测序技术,对基因组进行100×深度测序,根据序列组装结果,以获取基因组序列信息。

技术路线
 


细菌基因组Scanning技术路线图

 

研究内容

1. 原始数据处理
2. 有效数据统计
3. 基因组拼接
4. 基因预测
5.基因功能注释

承诺指标

基因组覆盖度大于95%,基因区覆盖度达到98%以上,单碱基错误率低于十万分之一。

送样要求

1. 样品类型: DNA
2. 样品需求量(单次): 小片段PE文库(300-500bp),≥5µg;
3. 样品浓度:≥50ng/µL
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

细菌基因组精细图测序

 为了避免单个平台的测序偏向性以及短片段造成的基因组组装错误,细菌基因组精细图可采用Roche 454 测序技术(40×)结合Illumina PE技术(100×)进行基因组测序,454长序列拼接获得Contigs,而MP的序列能寻找Contigs之间的关系,搭建Scaffolds。长序列能极大降低对生物信息学的依赖,因此拼接结果也会更加准确。在此基础上,可以借助ABI3730xl测序平台对整个基因组或其中的某一区域进行Gap Closing。

迪巧的优势

★ 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。
★ 拥有Roche 454 FLX +和Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多种高通量测序平台。
★ 技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
★ 拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

技术路线

     

              细菌基因组精细图技术路线图(1)                 

      

细菌基因组精细图技术路线图

 

 

研究内容

1. 原始数据处理
2. 有效数据统计
3. 基因组拼接
4. 基因预测
5. 基因功能注释

技术指标

Illumina + Roche 454 平台
1. 样品类型: DNA
2. 样品需求量(单次):Illumina,300-500bp小片段PE文库 > 5µg,3K大片段MP文库 > 20µg,5K大片段MP文库 > 30µg,8K大片段MP文库 > 40µg;Roche 454,shotgun文库> 2µg,PE文库 > 10µg。
3. 样品浓度:对于小片段文库 >50ng/µL;对于大片段文库> 100 ng/µL。
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

Illumina平台
1. 样品类型: DNA
2. 样品需求量(单次): 300-500bp小片段PE文库> 5µg,800bp小片段PE文库> 5µg;3K大片段MP文库> 20µg,5K大片段MP文库> 30µg,8K大片段MP文库> 40µg。
3. 样品浓度:对于小片段PE文库 >50ng/µL;对于大片段MP文库> 100 ng/µL。
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

细菌基因组完成图测序

   细菌基因组完成图采用Roche 454 长片段测序技术(40×)结合Illumina PE技术(100×)获得基因组精细图,再借助ABI3730xl测序平台对整个基因组进行Gap Closing,得到基因组完成图。

迪巧的优势

★拥有自主实验室和高通量测序平台,可以根据合作伙伴要求灵活安排实验,实验周期短,质量可靠。
★拥有ABI3730xl常规测序平台、Roche 454 FLX +、Illumina HiSeq 2500高通量测序平台,以及第三代测序平台PacBio GS等四种平台联合应用,优势互补,在微生物基因组测序中取得1+1+1+1>4的效果。
★技术人员经验丰富,每年完成数百个BAC全长测序、几十个微生物基因组测序的Gap Closing工作。
★拥有专业的生物信息团队和大型计算机平台,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

                 

技术指标

简单基因组:0 gap, 0 N;
复杂基因组:gap数不大于3

复杂基因组定义

1. 重复序列大于10%;
2. GC含量大于65%或小于35%;
3. 基因组质粒数大于4个;

送样要求

1. 样品类型: DNA
2. 样品需求量(单次):Illumina,300-500bp小片段PE文库≥5µg,3K大片段MP文库≥20µg,5K大片段MP文库≥30µg,8K大片段MP文库≥40µg;Roche 454,shotgun文库≥2µg,PE文库≥10µg。
3. 样品浓度:对于小片段文库≥50ng/µL;对于大片段文库≥100 ng/µL。
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

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