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宏基因组测序

来源: 本站原创    作者:佚名   发布时间:2015/3/31 11:35:51

 宏基因组是指特定环境中全部生物(微生物)遗传物质的总和。宏基因组测序即利用测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定,以分析微生物群体的基因组成及功能,解读微生物群体的多样性和丰度,探索微生物与环境及宿主之间的关系,发掘和研究新的具有特定功能的基因等。目前,第二代高通量测序技术在宏基因组的研究上已被广泛应用。与传统方法相比,基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库,这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差,简化了实验操作,提高了测序效率,从而极大地促进了宏基因组学的发展。

    16S/18S rDNA测序与宏基因组测序的区别:16S/18S rRNA基因测序以细菌16S rRNA 或者真菌18S rRNA 基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度以及系统进化。宏基因组测序以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象,直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库,利用高通量测序技术分析环境样品所包含的全部微生物的群体基因组成及功能和参与的代谢通路,解读微生物群体的多样性与丰度,探求微生物与环境,微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因。

美吉优势

★ 拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠。
★ 拥有Roche 454 FLX +和Illumina HiSeq 2500、MiSeq等多种高通量测序平台。
★ 技术人员经验丰富,可以根据合作伙伴要求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。
★ 拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

技术路线

 

 

生物信息分析流程
 


Illumina平台    

 

 

             

Roche 454平台

 

研究内容

1. 原始数据处理
2. 序列拼接
3. 基因预测
4. 基因功能注释(NR,Interpro)
5. 基于基因的物种分类统计
6. 基于16S rDNA的物种分类统计
7. COG功能分类和KEGG代谢途径分析
8. 优势物种的基因组独立分析

Illumina平台

送样要求 1

1. 样品类型: DNA
2. 样品需求量(单次):≥5μg
3. 样品浓度:≥20ng/μL
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

Roche 454平台

送样要求 2

1. 样品类型:DNA
2. 样品需求量(单次):≥2μg
3. 样品浓度:≥20ng/μL
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

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