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宏基因组de novo测序

来源: 本站原创    作者:佚名   发布时间:2015/3/31 11:41:38

 宏基因组de novo测序是指对环境样品中所有微生物基因组DNA片段化后进行高通量测序,进行序列组装和基因注释,获得部分不可纯培养微生物的基因组序列,分析该环境下所有微生物基因集信息。

    通过宏基因组de novo测序,能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系,极大地扩展了微生物学研究范畴。

 一、技术路线

 

 

 Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq

 

二、生物信息分析 

1. 原始数据整理、过滤及质量评估

2. 基于物种丰度分析:
    ♦物种丰度列表
    ♦稀释曲线

3. 基于物种丰度分析:
    ♦丰度分布曲线图
    ♦生物多样性指数(α多样性)列表
    ♦物种丰度差异性分析列表
    ♦多样品物种分布柱图
    ♦丰度差异物种聚类分析
    ♦PCA图
    ♦Krona图

4. 基因丰度列表:
    ♦提取基因分级注释丰度列表(KO、NOG、subsystem)
    ♦功能基因列表
    ♦生成venn图
    ♦基因丰度差异性分析列表
    ♦丰度差异基因聚类分析
    ♦富集分析(KO)

5. 根据客户需求进行个性化分析 

三、结果展示

  

 

四、样品要求 

1、样品采集:样品采集条件的一致是最为重要的环节,严格按照采样标准采样,采样后立即封存样品冷冻保存。 

2、样品DNA:环境因素异常复杂,许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定,常规提取方法不一定适合,建议采用专用试剂盒提取。PE文库DNA浓度≥20 ng/μl,总量≥6 μg(荧光定量),并确保电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整;基因组DNA完全无降解;提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随样品一起送样;组织样品﹥1.5 g。

3、样品保存期间切忌反复冻融。

4、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。

五、迪巧的优势

1.标准化的实验室操作流程,经验丰富的技术人员,可根据合作伙伴的要求解决实验问题。

2.迪巧生物拥有多个先进的测序平台,实验周期短,质量可靠。

3.Illumina Miseq平台参与宏基因组de novo测序,读长较长,有利于拼接,且性价比高。

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